Берлин, 1961 год. Город хоть и восстанавливается после разрушения, находится под сильным напором государств-победителей. Столицей правят четыре державы, имеющие огромное влияние на мировую политику: МИ-6 Великобритании, ЦРУ США, SDECE Франции и КГБ Советского Союза. Все перечисленные организации имеют целую сеть своих агентов, действующих в Берлине.
В центре сюжета сериала «Шпионский город» оказывается агент Скотт Филдинг, служащий в МИ-6. Во время сопровождения восточногерманского учёного на него нападают неизвестные люди. Придя в себя и оценив ситуацию, он понимает, что маршрут его передвижения мог быть передан злоумышленникам кем-то из своих. Отныне его новая задача – обнаружить и заставить понести наказание предателя, затаившегося в рядах «своих».